Ia mengawali kariernya sebagai Pamapta Polresta Banjarmasin Polda Kalsel (1990), Wakapolsek Banjarmasin Timur Polresta Banjarmasin (1992), Danton 3/2/B Sat Brimob Polda Kalsel (1994), Wadanki 1/B Sat Brimob Polda Kalsel (1995), dan Danki 1/A Sat Brimob Polda Kalsel (1995).

Selain itu, Mathius juga pernah menjabat sebagai Pasiops Detasemen A Pelopor Sat Brimobda Kalsel (1996), Pama Korbrimob Polri (1998), Danki Resimen I Pelopor Korbrimob Polri (1999), Kasi Ops Sat Brimob Polda Papua (2002), Wakapolres Jayapura (2003). Jenderal asal Papua ini juga sempat menduduki posisi sebagai Kapolres Kaimana Polda Papua Barat (2005), Wakasat Brimob Polda Papua (2007), Kapolres Jayapura (2009), dan Wadirpamobvit Polda Kalsel (2011).

Karier Mathius makin moncer setelah ia didapuk menjadi Kasat Brimob Polda Papua pada tahun 2014. Pada tahun 2018, ia dimutasi menjadi Analis Kebijakan Madya Bidang Brigade Mobil Korbrimob Polri.

Dua tahun kemudian, Irjen Mathius didapuk untuk mengisi kursi jabatan sebagai Wakapolda Papua Barat. Di tahun yang sama, ia dimutasi menjadi Wakapolda Papua.

Barulah pada tahun 2021, Mathius Fakhiri diangkat sebagai Kapolda Papua. (*)