Dari 11 rute penerbangan Susi Air, terbagi 3 jenis penerbangan.
Adapun 11 rute layanan Susi Air dari dan ke Malinau tersebut adalah:
Penerbangan Perintis Pusat
1. Malinau-Long Bawan
2. Malinau-Long Apung
3. Malinau-Mahak Baru
4. Malinau-Long Layu
5. Malinau-Binuang
6.Malinau-Long Alango
7. Malinau-Long Punjungan
8.Malinau-Data Dian
9. Malinau-Long Sule
Penerbangan Perintis Daerah
10. Nunukan-Long Bawan (pesawat dr Malinau)
