Tugas pertamanya yakni menjadi Perwira Departemen Operasi Kapal Perang Republik Indonesia (KRI) Sigalu-857 pada 1990.

Dua tahun berikutnya, atau tepatnya pada 1992, Ali berpindah dari kapal patroli cepat kelas attack ke kapal selam KRI Nanggala-402.

Di kapal selam ini, ia mengampu jabatan sebagai Asisten Perwira Divisi Ekasen.

Pada 1993, Ali berpindah dari kapal selam KRI Nanggala ke kapal selam KRI Pasopati-410 dengan jabatan sebagai Perwira Torpedo.

Pria kelahiran 9 April 1967 ini menduduki posisi tersebut selama dua tahun sebelum akhirnya kembali lagi ke kapal selam KRI Nanggala-402 sebagai Perwira Divisi Komunikasi (Padivkom) pada 1995 dan Kepala Departemen Leksen KRI Nanggala-402 pada 1996.

Saat berpangkat mayor, atau pada periode 1996, Ali pernah menjabat sebagai Kasi Taktik Sops Komando Armada Timur dan Kadalsen Divlat Dep Sewaco Puslattlekdalsen Kodikal pada 2000 hingga 2003.

Usai betugas di luar kapal perang kurang lebih selama tujuh tahun, Ali pun kembali lagi ke kapal selam.