Kemudian pada 2019 Yudo dipercaya menjadi Pangkogabwilhan I.

Nama Yudo semakin dikenal setelah ia berhasil melakukan pengusiran kapal asing di Zona Ekonomi Eksklusif (ZEE) Indonesia di Kepulauan Riau.

Tak hanya itu, Yudo juga berperan dalam pemulangan WNI dari Wuhan, China, hingga memimpin operasi penanganan pasien virus corona di Rumah Sakit Darurat (RSD) Covid-19 Wisma Atlet, Kemayoran, Jakarta.

Karier militer Yudo Margono

- Asisten Perwira Divisi (Aspadiv) Senjata Artileri Rudal di KRI YNS 332 (1988)

- Kadep Ops KRI Ki Hajar Dewantara 364

- Palaksa KRI Fatahillah 361

- Komandan KRI Pandrong 801

- Komandan KRI Sutanto 877

- Komandan KRI Ahmad Yani 351

- Komandan Lanal Tual (2004–2008)

- Komandan Lanal Sorong (2008–2010)

- Komandan Satkat Koarmatim (2010–2011)